В 2012 г. ФТС России определила контроль после выпуска товаров в качестве одного из стратегических направлений деятельности таможенных органов Российской Федерации. В рамках мероприятий по модернизации системы таможенного контроля после выпуска товаров осуществлена централизация функций контроля после выпуска товаров в специализированных подразделениях таможенного контроля после выпуска товаров. Также исключается дублирование функций таможенного контроля после выпуска товаров различными подразделениями таможенного органа. В свою очередь отделы по таможенному контролю после выпуска товаров наделяются функциями по принятию решений в сфере таможенного дела после выпуска товаров.
В развитие данного направления деятельности ФТС России изданы приказы от 06 июля 2012г №1373 «Об утверждении Инструкции о действиях должностных лиц таможенных органов при проведении таможенного контроля в форме таможенной проверки» и от 06 июля 2012 №1372 «Об утверждении Инструкции о действиях должностных лиц таможенных органов при взаимодействии подразделений таможенного контроля после выпуска товаров и структурных подразделений таможенных органов при организации таможенного контроля после выпуска товаров».
В настоящее время функции контроля после выпуска товаров в Балтийской таможне осуществляет отдел таможенной инспекции, который в ближайшее время будет преобразован в отдел таможенного контроля после выпуска товаров.
Основной функцией отдела, до начала проведения таможенной проверки, является анализ имеющейся информации, в целях выявления фактов несоблюдения требований таможенного законодательства Таможенного союза и законодательства Российской Федерации.